Continuando el anterior post sobre la evolución urbanística de Murcia, nos situamos en la Baja Edad Media.

Tras la gran victoria cristiana en Las Navas de Tolosa en 1212. Castilla comenzó su expansión hacia el sur, favoreciendo las sublevaciones andalusíes contra los almohades tras su contundente derrota. Como la que dio lugar al tercer reino taifa de Murcia, regido por la dinastía de los Banu Hud. Durante estos años de esplendor se edificó el Alcázar Seguir en el arrabal de la Arrixaca, sobre los restos del palacio anterior del Rey Lobo. Además se amurallaron los arrabales configurando el conjunto defensivo final de la Murcia musulmana.

Fin de la Taifa de Murcia

La tercera taifa acabó perdiendo terreno entre las conquistas cristianas y las sublevaciones musulmanas por lo que no pudo evitar que el futuro Alfonso X el Sabio, en nombre de su padre Fernando III, sometió a Murcia a vasallaje a través del Tratado de Alcaraz, incorporando la ciudad y a su reino a la Corona de Castilla en forma de protectorado.

A groso modo el tratado de Alcaraz daba autonomía a los musulmanes permitiendo continuar a  Ibn Hud al-Dawla como rey de Murcia en el alcázar Seguir. La población musulmana siguió viviendo en la medina y en los arrabales de la arrixaca. Los colonos castellanos se instalaron en un nuevo arraval  al que se llamó Murcia la nueva. Este arrabal es el origen del barrio de san Juan.

La conquista cristiana

Alfonso X pronto incumplió el tratado, consciente de que la ciudad no se estaba cristianizado. Por lo que provocó a los mudejares de Murcia y éstos se sublevaron en 1262. Con una casus belli, Alfonso pidió ayuda a su suegro, el rey de Aragón, Jaume I.  El cual derrotó a los mudejares en nombre de Alfonso X, entrado en la ciudad el 2 de febrero de 1266.  Este fue el fin de la historia musulmana de Murcia.

Con la llegada de los cristianos la ciudad entró en decadencia, ya que su situación de frontera y la huida de los pobladores musulmanes hizo que su población se redujera. Se empieza a edificar la catedral sobre la antigua mezquita aljama y en 1278 se trasladó la sede obispal de Cartagena a Murcia sin consentimiento oficial alguno. En el año 1291 la ciudad se convirtió de manera oficial en la sede episcopal de la diócesis de Cartagena tras el beneplácito de Sancho IV el Bravo.

Siglos XIV-XV

El siglo XIV fue desastroso para la ciudad. En 1348 llega la epidemia de la peste negra. Mueren casi la mitad de los habitantes de la ciudad, añadiendo la salida de los mudejares, la ciudad se reduce al corazón de la medina y el arrabal cristiano.  Con la reducción de la población los arrabales de la Arrixaca se abandonan totalmente utilizándose sus ruinas como cementerio. Es por ello que la evolución urbanística de Murcia es negativa en este siglo. Además de la peste, la guerra volvió a sacudir la zona  durante la guerra de los dos Pedros (1356–1369) entre Castilla y Aragón. A finales de siglo comenzó una recuperación económica gracias al cese de la amenaza granadina. A partir de 1482, tanto Murcia como Lorca se convirtieron en la base de operaciones para las campañas militares que los Reyes Católicos lanzaron sobre la parte oriental del reino de Granada.

Siglos XVI-XVII

Los siglos XVI y XVII significaron el desarrollo de la industria sedera murciana tras el colapso de la industria granadina. En esta época; se empieza a modificar el cauce del río Segura para reducir los daños provocados por las riadas, tras la riada de San Calixto en1651. Se modifica el curso del meandro de poniente quedando con la configuración actual.

Siglo XVIII

El siglo XVIII es el de mayor esplendor de la ciudad, no en vano se le denomina el siglo de oro murciano. La evolución urbanística de murcia en este siglo fue expansiva debido al desarrollo económico. La base de este crecimiento se cimentó en un impulso agrícola basado así mismo en el aumento de la superficie cultivada. Las roturaciones provocaron una mayor extensión de la huerta de Murcia y de cultivos de secano en la zona de campo, algo que trajo consigo la aparición de asentamientos humanos en dichas áreas (el origen de muchas de las actuales pedanías).​ En este contexto de riqueza continuó teniendo un importante papel el comercio de la seda, de hecho en 1770 se instaló en Murcia la Real Fábrica de Hilar Sedas a la Piamontesa. La boyante coyuntura quedó reflejada en las artes y el urbanismo de la ciudad, siendo de este periodo la edificación de la mayoría de las iglesias de la ciudad, del palacio del ayuntamiento y la fachada barroca de la catedral.

Reestructuración del río

De este siglo es la reestructuración del curso del río y el  encauzamiento definitivo a su paso por la ciudad. Se construye el puente de los peligros, dado dado que el puente preexistente desapareció en una riada en 1701. Por iniciativa del cardenal Belluga se realiza una extensa obra pública hidraulica con destino a ampliar la superficie cultivable de la huerta y desarrollar los sistemas de acequia. Para reducir el impacto de las riadas se reencauza el río Guadalentín mediante el canal del Reguerón para que desembocase río abajo. El antiguo muro de contención para los desbordamientos del río fue reconstruido y convertido en paseo, el actual paseo del Malecón. La expansión motivó que el asentamiento humano en la margen derecha del Segura se afianzara; el conocido barrio del Carmen, en donde se diseñaron alamedas y una plaza cuadrada con funciones de plaza de toros, la actual plaza de Camachos.

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